在学术论文中，参考文献的标注通常是采用特定的格式和规范，比如APA、MLA等，其中通常不包括标红等特殊格式。因此，将参考文献标红可能会影响论文的格式规范和专业性，但通常不会对论文的查重率产生影响。
查重系统通常会忽略参考文献等引用内容，主要关注论文主体部分的文本内容，因此参考文献标红通常不会被视为论文抄袭或剽窃的标志。然而，为了确保论文的专业性和规范性，建议在引用参考文献时遵循特定的格式和规范，不要进行不必要的特殊格式标注。
参考文献标红不会影响查重率，因为查重系统是基于文本相似度原理运作的，它会将论文中的文字与已有数据库中的文本进行比对，判断是否存在相同或相似部分。
而参考文献通常被放在文章末尾，对整体文章的查重结果影响不大，因此无论是标红还是不标红都不会影响查重率。但需要注意的是，在写作时应遵守相关参考文献的格式规范，并在引用他人文章时注明出处和作者信息，以避免学术不诚信行为。
参考文献格式不正确可能涉及到空格过大、对齐不准确等问题。以下是一些处理参考文献格式不正确的方法：
1. 检查文献引用格式：首先要确认所使用的参考文献引用格式是否符合学术要求，例如APA、MLA等。确保按照规范来引用文献。
2. 使用文献管理工具：借助文献管理工具如EndNote、Zotero等进行文献引用和参考文献格式的管理，可以提高准确性和效率。
3. 调整段落格式：参考文献中的空格过大或对齐不准确，可以通过调整段落格式来解决。在Word等文本编辑软件中，选择相应的参考文献段落，点击段落格式设置，调整行距、间距和缩进等属性，使得文献对齐合理。
4. 校对文献信息：检查每个参考文献的作者、题目、出版日期等信息是否准确完整。确保所有文献信息都符合引用格式要求。
5. 参考其他样例或指南：参考相关样例或指南，比如学校提供的论文格式指南、出版机构的参考文献样例等，以获取正确的参考文献格式。
6. 寻求帮助：如果遇到困难，可以咨询导师、同学或图书馆的学术写作支持人员，寻求他们的帮助和指导。
总之，处理参考文献格式不正确的关键是严格按照引用规范操作，合理调整段落格式，并仔细核对文献信息。