两者的差别比较大，小药师证是指在零售药店持证上岗的执业药师。
而医院药房的执业药师，综合业务比零售药店的要复杂，要求更高。
小药师证和执业药师证的区别在于他们两个证书所属的部门不同，报考的时间、和报考方式不同，报考条件和考试科目也不同，用法更不一样。所以小药师证和执业药师证不止是名字称呼的不同，包含的内容也不同。
小药师证和药师证有较大区别，二者区别如下1：性质不同 。小药师证是药师资格证中的初级证书，即药士证；初级药师是全国卫生专业技术资格考试其中一个专业的名称。
职责不同 。小药师证是人员从事医药方面工作时需要具备的资格证明；初级药师负责审核医生所处方的数种药物中有否出现药物相互作用，并根据病人的病历、医生的诊断，为病人建议最适合他们的药物剂型、剂量。
此外，二者还有报名条件、考试科目等区别