医改后特殊病种住院是可以报销的，特殊病种的，患特殊病种的参保人员可在本人选定的定点医疗机构，“一站式”完成申报、备案、治疗、结算及待遇查询等手续。完成特殊病备案流程的参保人，可享受特殊病种有关报销政策，减轻门诊就医负担。
患特殊病的参保人员在所选的特殊病定点医院填写申报表，由医师签字后，持社保卡到医院医保办公室办理备案手续。完成备案后，即可在该院进行治疗，无需再到单位、经办机构办理手续。
一、特殊疾病医保报销手续
1、申请人携带资料交参保单位所在区医保中心;灵活就业人员直接将资料交本人参保区医保中心。参保人在辖区内定点医疗机构发生就医购药费用，凭社保卡直接进行结算。
2、参保人在非定点医疗机构或市外定点医疗机构发生的医疗费用由参保人自行垫付，在携带规定资料前往济南社保机构办理报销手续即可。
二 、报销时需携带以下资料
1、身份证或社会保障卡的原件；
2、定点医疗机构专科医生开具的疾病诊断证明书原件；
3、门诊病历、检查、检验结果报告单等就医资料原件；
4、财政、税务统一医疗机构门诊收费收据原件；
5、医院电脑打印的门诊费用明细清单或医生开具处方的付方原件；
6、定点药店税务商品销售统一发票及电脑打印清单原件；
7、如果是代人办理则需要提供代办人身份证原件。
特殊疾病医疗保险报销可按照以下流程进行。
1.所需材料：《基本医疗市级统筹特殊疾病申报表》、两张1寸近照(一张贴在申报表上、一张用于分中心做特病证)、经单位签字盖章后由单位或本人将申报表、身份证复印件及照片
2.报销办理流程：
1)将上述材料上交参保单位所在区医保中心，灵活就业人员直接将上述资料交本人参保区医保中心。每月申报特病时间为1—20日。
2)申报人员应在每月23—24日(节假日顺延)，拨打参保医保中心电话或直接到单位或医保中心了解检查医院的地址及检查日期，并在检查当日8：30准时到达指定医院。
3)申报人员在检查当日应带上与申请特病病种相关的原始门诊病历(自发病之日起2年含2年内的病历资料)、住院病历复印件(须医院盖章)、检查资料的原件和原片(如CT、MRI、冠状动脉造影)，以及身份证原件、医保证。
4)申报糖尿病、肝硬化(失代偿)的参保人员需空腹前往医院进行检查(自备早餐)。